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國際阿里云3大高性能核算解決計劃
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飛機 @laoying06

去年8 月 5 日，在 2022 阿里云生命科學與智能核算峰會上，阿里云高性能核算研制負責人何萬青發(fā)布了《生命科學職業(yè)云上解決計劃及最佳實踐》白皮書，并同步推出了高性能容器、大內(nèi)存、高 IO 等三大高性能核算解決計劃，滿意基因測序與 AI 制藥領(lǐng)域中海量級數(shù)據(jù)剖析、作業(yè)流程與環(huán)境各異等場景需求。

生命科學職業(yè)開展至今，早已離不開高性能核算（High Performance Computing）的輔佐，從核算機輔佐藥物規(guī)劃、疫苗研制，到經(jīng)過基因檢測供給精準醫(yī)療服務、產(chǎn)前篩查等，高性能核算 HPC 在生命科學研討中扮演著十分重要的人物。

跟著云核算技能服務及實踐的日趨成熟，越來越多的職業(yè)經(jīng)過上云完成了整個產(chǎn)業(yè)的轉(zhuǎn)型升級，正處于黃金時期的生命科學職業(yè)也不例外。但是，目前針對生命科學職業(yè)的解決計劃大部分都為線下 IDC 超算集群計劃，跟著基因組學、生物制藥技能的不斷演進及核算機科學的不斷開展，傳統(tǒng)核算機集群資源已無法滿意生命科學職業(yè)及技能演進的需求。

本次發(fā)布的《生命科學職業(yè)云上解決計劃及最佳實踐》白皮書指出，生命科學企業(yè)的 IT 基礎(chǔ)設(shè)施主要面對資源規(guī)劃固定、建造周期長和硬件資源運維本錢高三大問題。一起生命科學職業(yè)也期望擁抱公共云架構(gòu)、運用異構(gòu)核算與人工智能等新技能。

何萬青表明，云上高性能核算是目前 HPC 建造運用的最佳途徑。在原來公共云與混合云兩大解決計劃的基礎(chǔ)上，針對生命科學職業(yè)的不同需求，海外阿里云代理商 在該白皮書中新發(fā)布了高性能容器、大內(nèi)存、高 IO 等三大高性能核算解決計劃，共計五大解決計劃：

1. 公共云解決計劃：供給一套通用的公共云架構(gòu)的解決計劃，滿意用戶快速快捷運用云上 HPC 服務的需求，并根據(jù)事務的高峰和低谷動態(tài)進行核算資源的彈性擴縮容，有效節(jié)約事務本錢。計劃尤其適用于快速開展的生命科學企業(yè)。

2. 混合云架構(gòu)解決計劃：部分企業(yè)具有線下 IDC 數(shù)據(jù)中心，但基礎(chǔ)設(shè)施偏舊。跟著事務的快速增長，期望能夠運用阿里云 E-HPC 供給的微弱新算力，一起利舊 IDC 數(shù)據(jù)中心資源。這種情況可用混合云架構(gòu)統(tǒng)一辦理云上云下資源，與公共云打通，支撐彈性擴縮容。企業(yè)可按需挑選辦理節(jié)點設(shè)置在云上或云下。

3. HPC+AI 的高性能容器計劃：適用于藥物研制和事務流程雜亂多樣的生信事務，觸及運用版本很多、依靠環(huán)境雜亂，不同的工作流或許根據(jù)不同的操作系統(tǒng)和編譯器構(gòu)建。阿里云 E-HPC 高性能容器運用 eStack 可讓運用多種軟件棧的生信運用運行在同一個渠道，快捷辦理，支撐多種調(diào)度器和底層資源，兼容性十分高。

4. 生信職業(yè)運用大內(nèi)存解決計劃：阿里云與合作伙伴 Memverge 聯(lián)合推出,適用于需要進行海量數(shù)據(jù)剖析的事務，如基因測序中每個細胞的表達量數(shù)據(jù)高達數(shù)十萬條讀取 (reads)，這種海量級的數(shù)據(jù)剖析需要大內(nèi)存容量。運用部署 MemVerge Memory Machine 軟件的 ECS i4p 實例作為核算節(jié)點，可滿意事務對性能的極致要求，一起阿里云 E-HPC 可主動納管所有節(jié)點。

5. 生信職業(yè)運用高 IO 解決計劃：基因組織學研討產(chǎn)生的數(shù)據(jù)增長快速且需永久保存，要求存儲系統(tǒng)具有海量容量及高擴展性。另外，海外阿里云代理商 基因研討運用軟件種類很多，部分核算任務對 IO 吞吐要求很高。對此，阿里云與合作伙伴聯(lián)科集團聯(lián)合推出生信職業(yè)運用高 IO 解決計劃。

上述解決計劃能夠掩蓋生命科學職業(yè)的絕大多數(shù)場景與需求，具有掩蓋全球的豐富算力，極致性能，彈性彈性才能幫助客戶降本提效，管控可視化幫助用戶省心運維等優(yōu)勢。目前，阿里云高性能核算廣泛運用于工業(yè)仿真（CAD/CAE）、芯片規(guī)劃（EDA）、生物醫(yī)藥資料、能源勘探與公共服務等多個職業(yè)。

「深勢科技」運用彈性供應的本錢優(yōu)化戰(zhàn)略，結(jié)合搶占式實例的價格，以 30% 的本錢完成海量資源的交給。一起云上彈性高性能核算 E-HPC 主動運維的特性，降低了深勢科技的運維本錢，提升了集群辦理功率。

生命醫(yī)學企業(yè)「圣庭醫(yī)療」經(jīng)過上云優(yōu)化了傳統(tǒng) IDC 集群的數(shù)據(jù)可靠性、運維本錢及功率問題，基因比對與剖析功率提升了 70%。海外阿里云代理商 高性能核算團隊還經(jīng)過結(jié)合 Slurm 事務工作流 dependency 與主動彈性的結(jié)合，削減了無效的核算資源浪費，有效降低了運用本錢。

在本次峰會上，天池大賽——“立異大師杯冷凍電鏡蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)建模大賽”頒獎典禮也同期舉行，全球近 2000 名參賽者一同探索云核算與蛋白質(zhì)研討的前沿課題，大賽全程從阿里云 E-HPC 渠道、英特爾第三代至強可擴展處理器(Cooper Lake)、深度學習加快和增強型 AVX-512 指令集等軟硬件結(jié)合的角度進行全程輔導和訓練，推進全職業(yè)對人才培養(yǎng)的繼續(xù)關(guān)注。

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